การผ่าตัดฝังรากฟันเทียมนั้น ถึงแม้จะเป็นการรักษาทางทันตกรรมที่ดีที่สุด และเป็นกระบวนการรักษาทางการแพทย์ที่กระบวนการรักษาเหมือนกับการรักษาด้วยวิธีอื่นๆ แต่อย่างไรก็ตามบางครั้งอาจจะมีข้อผิดพลาดขึ้นได้ รวมไปถึงผลข้างเคียงที่เกิดขึ้นหลังจากการรักษา ถือว่าเกิดขึ้นได้บ่อย

โดยผลข้างเคียงที่เกิดขึ้นนี้ สามารถแก้ไขให้หายได้ สำหรับผลข้างเคียงที่มักจะพบได้บ่อยมากที่สุดก็คืออาการเจ็บเหงือก เจ็บฟัน ซึ่งในการผ่าตัดฝังรากฟันเทียมนั้น ทันตแพทย์จะใช้ยาชากับผู้เข้ารับการรักาาอยู่แล้วในขั้นตอนการผ่าตัด เพื่อที่จะได้เจ็บ แต่หลังจากการผ่าตัดแล้ว ยาชาเกิดหมดฤทธิ์ ผู้เข้ารับการรักษาอาจจะรู้สึกเจ็บปวด รู้สึกตึงบริเวณบาดแผล โดยความเจ็บปวดอาจจะลุกลามไปถึงกระดูกขากรรไกรได้ ซึ่งถือว่าเป็นเรื่องปกติอยู่แล้ว ไม่ต้องตกใจ ต่อมาบาดแผลจากการผ่าตัดฝังรากฟันเทียม ในบางกรณีผู้เข้ารับการรักษาจะพบว่าตัวเองมีรอยแผลบนเหงือก บริเวณรอบๆจุดที่ทำการฝังรากฟันเทียม และแผลลักษณะแบบนี้จะสังเกตุได้ยาก ซึ่งต้องระมัดระวังเป็นพิเศษ ซึ่งผู้เข้ารับการรักษาบางรายอาจจะไม่รู้ตัวว่ามีแผล เพราะฉะนั้นหลังจากการฝังรากฟันเทียม ควรส่องกระจกและสังเกตุช่องปากให้ดี หากมีแผลควรดูแลรักษาให้ดี สุดท้ายผลข้างเคียงที่พบได้บ่อยๆมากๆ ก็คือ อาการเหงือกบวม อาการนี้เป็นเรื่องปกติมาก ไม่ว่าจะผ่าตัดบริเวณใดก้ตาม อาการบวมนั้นถือเป็นเรื่องธรรมดาที่ทุกคนต้องเจอ ในกรณีของการฝังรากฟันเทียม การที่เหงือกบวมนั้นอาจบวมไปถึงบริเวณอื่นๆที่อยู่ใกล้กับจุดฝังรากฟันเทียมได้ หากผู้เข้ารับการรักษาจะประคบ อาการบวมก็จะค่อยๆทุเลาลง